Workshop om framtidens e-infrastruktur för biodiversitetsdata Publicerad: 19 april 2018

Under två dagar i april anordnade ArtDatabanken, tillsammans med Svenska LifeWatch (SLW) och Biodiversity Atlas Sweden (BAS) en workshop. Syftet var att öka förståelsen om de olika e-infrastrukturer för biodiversitetsdata som ska sammanfogas och därmed underlätta det framtida samarbetet.

 Visa mer

Workshop SLW_BAS.jpg

Första dagen handlade om Artdatabankens e-infrastruktur som bland annat omfattar Artportalen, Dyntaxa, Artfakta och Svenska LifeWatchs Analysportal med underliggande webbtjänster. Artdatabankens arbetssätt för utveckling av IT-strukturer var också en del av agendan. Dag två fick deltagarna bekanta sig med installationsrutiner och olika moduler för den nya e-infrastrukturen Atlas of Living Australia (ALA), som baseras på öppen källkod.

ALA har fått stöd av Global Biodiversity Information Facility (GBIF) och ett växande antal GBIF-noder världen över har, eller är på väg att implementera ALA i byggandet av nationella e-infrastrukturer för biodiversitetsdata. 

En ALA-baserad struktur för svenska förhållanden är för närvarande under uppbyggnad av BAS och SLW. I framtiden kommer den att fogas ihop med de idag största existerande infrastrukturerna för biodiversitetsdata i Sverige, Svenska LifeWatch och GBIF-Sweden. Under workshopen representerades ALA och GBIF av sina systemarkitekter Dave Martin (ALA) och Tim Robertsson (GBIF). Förutom att presenterade ALA och systemstrukturen för deltagarna berättade de om framtida planer och möjligheten att slå ihop kodbaserna för GBIF och ALA.

Totalt deltog 39 utvecklare, systemarkitekter och beslutsfattare från 14 olika organisationer och myndigheter från Sverige, Finland och Norge.



 Visa mindre


Styrgrupp utsedd för Svensk Biodiversitetsatlas och Svenska LifeWatch  Publicerad: 29 mars 2018    Visa mer

I början av mars utsågs en gemensam styrgrupp för Svensk Biodiversitetsatlas och Svenska LifeWatch. Styrgruppen kommer att ha ett övergripande ansvar för det betydelsefulla arbetet med att ta fram en nationell infrastruktur för biodiversitets- och ekosystemsforskning.

Sedan Vetenskapsrådet, under hösten 2017, beviljade finansiering till Svensk biodiversitetsatlas (BAS) och Svenska LifeWatch (SLW) har ett integrationsarbete pågått. I december 2017 skrev respektive konsortium på en avsiktsförklaring att samarbeta och verka för ett framtida samgående av de båda parternas infrastrukturer för data- och analystjänster.

Integrationen är en del i processen att implementera Atlas of Living Australia (ALA) i Sverige, för att förnya den tekniska infrastrukturen och möjliggöra innovativ, tvärvetenskaplig forskning om biologisk mångfald och ekosystem. Avsikten är nu att sammanfoga BAS, SLW och ALA i en ny nationell forskningsinfrastruktur för biodiversitetsinformation.

Viktiga komponenter i detta arbete är de data som svenska GBIF och SLW skördar. Sedan 2001 skördar, standardiserar och tillgängliggör svenska GBIF-noden över 78 miljoner artobservationer från mer än ett 40-tal svenska dataset. Samtidigt har SLW under de senaste åtta åren byggt upp en infrastruktur för biodiversitetsforskning som automatiskt skördar svenska data från 45 000 arter och tillgängliggör dem genom Analysportalen, GBIF, forskare och myndigheter.

– Vi har ett viktigt arbete framför oss. Utmaningen är att sammanföra dessa infrastrukturer så att forskare i Sverige och globalt får nytta av infrastrukturen, säger Anna Wetterbom, ordförande för styrgruppen.

Styrgruppen utsåg vid sitt första möte, 9 mars i Stockholm, Anna Wetterbom till ordförande och Lars Westerberg till vice ordförande. Som en första uppgift kommer styrgruppen att organisera framtagandet av en strategisk plan för hur en gemensam svensk biodiversitetsinfrastruktur kan bidra till världsledande forskning.

– Biodiversitets- och ekosystemsforskningen utvecklas för närvarande snabbt. Genom att integrera Svenska LifeWatchs verktyg och dataflöden i en gemensam svensk biodiversitets-e-infrastruktur, i samarbete med BAS, kan vi utveckla och förbättra de nationella tjänster som finns idag, och bidra till ett internationellt samarbete, säger Holger Dettki, tf. föreståndare Svenska LifeWatch.

– Global Biodiversity Information Facility (GBIF), är den ledande internationella infrastrukturen som gör information om jordens arter fritt tillgänglig för alla. ALA är en viktig komponent i detta internationella nätverk. Tillsammans med Svenska LifeWatch kan vi bygga en ny svensk infrastruktur som är rustad att möta de utmaningar vi står inför i fråga om biodiversitetsinformation, menar Anders Telenius, föreståndare för BAS och Node Manager GBIF-Sweden.

I styrgruppen ingår följande personer:

Michaela Barth
PDC Center for High Performance Computing, Kungliga Tekniska Högskolan

Sanja Halling
Riksarkivet

Jo Judge
National Biodiversity Network, Storbritannien

Mark Marissink
Naturvårdsverket

Jens-Christian Svenning
Aarhus Universitet, Danmark

Lars Westerberg
Linköpings universitet

Anna Wetterbom
VD, Sveriges unga akademi

 Visa mindre

Ny release av Analysportalen Publicerad: 23 mars 2018    Visa mer

En ny release av Analysportalen 2018-03-22 innehåller dels förbättringar av nedladdningsmöjligheterna, och dels en rad buggfixar.

Releasen Analysportalen 2018-03-22 introducerar ett filbeställningssystem för hantering av nedladdning av stora filer. Om en nedladdning av artobservationer beräknas innehålla fler än 50 000 observationer så skapas en filbeställning i stället för en direkt nedladdning. När filbeställningen är bearbetad och klar så  kan du logga in på Analysportalen och ladda ner den genererade filen direkt från sidan Mina sidor. Du får även ett mejl som berättar att filen är klar för nedladdning. 

 Visa mindre

Data från Virtuella herbariet tillgängligt i Analysportalen Publicerad: 21 mars 2018    Visa mer

Nu finns data från Virtuella herbariet tillgängligt i Svenska LifeWatch och Analysportalen för biodiversitetsdata. Data skördas kontinuerligt.

Sveriges virtuella herbarium är ett samarbete mellan landets största och viktigaste herbarier. Nu är data från dessa sex herbarium skördat genom Virtuella herbariet och finns tillgängligt i Analysportalen.

Syftet med det Virtuella herbariet är att på ett samordnat sätt digitalisera och tillgängliggöra information om kollekterna i herbarierna. Arbetet, som främst består i konkret digitaliseringsarbete, inklusive koordinatsättning, sker med stöd av Svenska artprojektet vid ArtDatabanken, SLU. Prioritet har givits åt alger, svampar, lavar och mossor, men även kärlväxter digitaliseras. För att öka tillgängligheten för data har man byggt upp en gemensam söksida för samlingarna och för närvarande är ca 3,5 miljoner kollekter tillgängliga.

Projektet har pågått sedan 2005 och drivs av herbarierna i Lund, Göteborg, Stockholm, Uppsala och Umeå. I samarbetet ingår även Oskarshamnsherbariet, vilket innebär att dessa samlingar också är tillgängliga.

 Visa mindre

Svenska LifeWatch på OIKOS Publicerad: 08 mars 2018    Visa mer

I februari anordnades den Nordiska OIKOS-konferensen i Trondheim med över 300 deltagare på plats. Både ArtDatabanken och Svenska LifeWatch var representerade.

Det hölls 72 föredrag varav 3 från ArtDatabankens forskargrupp -  Henna Fabritius, Laura Henckel och Alexander Singer.

Konkurrensen om de 134 posterplatserna var hård men Svenska LifeWatch visade sin närvaro genom att visa upp en roll-up med information och dela ut informationsmaterial. Dessutom deltog Holger Dettki, SLWs föreståndare, i postersessionen tillsammans med Anders Telenius, föreståndare för SLWs samarbetspartner ’Biodiversity Atlas Sweden’ (BAS), som presenterade en poster om den kommande biodiversitetsinfrastrukturen ’BAS’. Där fick båda parter möjlighet att svara på frågor om sina verktyg för biodiversitetsdata samt det framtida samarbetet.

 Visa mindre

Data från Träd-och Musselportalen sökbart i Analysportalen Publicerad: 07 mars 2018    Visa mer

Nu finns data från Träd- och Musselportalen tillgängligt i Svenska LifeWatch och Analysportalen för biodiversitetsdata. Data från de båda portalerna skördas automatiskt varje natt.

Båda portalerna är öppna för rapportering och visning av observationer. Rapportering kräver dock registrering av konto. Merparten av data i de båda portalerna kommer från Länsstyrelser och kommuner som arbetar inom dessa verksamheter, men fynd från privatpersoner och andra organisationer förekommer också.

 

Trädportalen
Trädportalen är en samlingsplats för observationer av biologiskt eller kulturhistoriskt värdefulla träd. I första hand samlas information om grova träd, gamla träd och hålträd. Träden är till stor del observerade inom åtgärdsprogrammet samt miljöövervakningen av särskilt skyddsvärda träd.

Observationerna består av punktdata där ett träd är en lokal. Upprepade observationer kan göras på samma lokal för uppföljning av träden. Utöver egenskaper hos trädet kan vissa omvärldsparametrar registreras. Registreringen görs via särskilt webbgränssnitt eller import av databatcher. I vissa fall görs kvalitetsgranskning och validering av observationerna. Standard för position är WGS84, men även RT90 och SWEREF99 TM hanteras.

 

Musselportalen
Musselportalen är en samlingsplats för observationer för åtta arter av stormusslor som förekommer i svenska sjöar och vattendrag. Observationer kommer framför allt från miljöövervakningen av stormusslor.

Data för musslor är kopplade till en lokal, där antal levande och döda musslor kan registreras, men även storleksuppgifter för flera musslor kan anges inom lokalen. Upprepade undersökningar kan kopplas till samma lokal för uppföljning av bestånd av musslor. I Musselportalen finns även möjlighet att rapportera in miljövariabler. Registreringen görs via särskilt webbgränssnitt eller import av databatcher. I enstaka fall görs kvalitetsgranskning och validering av observationerna. Standard för position är WGS84, men även RT90 och SWEREF99 TM hanteras.

 Visa mindre

Kom igång

  1. Välj data
    > Data > Artobservationer
  2. Filtrera och välj taxa
    > Filter > Taxa > Sök på taxonnamn
  3. Gör inställningar för eventuella gridberäkningar
    > Inställningar > Gridstatistik > välj t.ex. Rutstorlek
  4. Välj eventuellt koordinatsystem
    > Inställningar > Koordinatsystem
  5. Se resultatet
    > Resultat > t.ex. Artobservationskarta
  6. Ändra din sökning eller analys, det går alltid att gå direkt till resultatknappen!

Dina val syns alltid till höger => Mina val

Applikationsbeskrivning

Citering

I vetenskapliga publikationer och andra rapporter där Analysportalen använts, bör man referera enligt följande:

”Data använda i den här studien har laddats ned från Svenska LifeWatch Analysportal [datum för nedladdningen och använda dataproviders]. Analysportalen är finanserad av Vetenskapsrådet och Naturvårdsverket genom Svenska LifeWatch-projektet (Grant No. 829-2009-6287).”

Vi rekommenderar också att man anger de viktigaste dataleverantörerna till den analys man gjort. En sådan lista fås i Analysportalen under Resultat/Rapporter/Härkomst av artobservationer (https://www.analysisportal.se/Result/ProvenanceReport).