• 2019-03-18Driftinfo: Tisdag 19 mars utför SLU IT underhåll av GIS-servrar. SLU:s WFS & WMS-kartskikt är då ej tillgängliga.

Artportalens checklista skapar nya möjligheter för forskare Publicerad: 28 februari 2019

ArtDatabanken lanserar mobil webbapplikation för inrapportering till Artportalen. I den nya checklistan kan rapportören även bidra med värdefulla data om arters frånvaro.

 Visa mer

Artportalen är ett av världens största rapportsystem för artobservationer. Databasen innehåller snart 70 miljoner observationer, och är en del i Svenska LifeWatch infrastruktur. Idén med Artportalen är att rapportera de arter som har observerats, men för forskning är det även värdefullt att veta vilka arter som inte har observerats, så kallade "nolldata".

– Det här är nästa steg i citizen science-rapportering, säger Tomas Pärt vid Institutionen för ekologi, som är en av forskarna som medverkat i utvecklingen av verktyget.

– I och med att vi får med nolldata, det vill säga avsaknad av arter, kan vi statistiskt behandla data på ett säkrare sätt än tidigare och studera var arter förekommer och inte förekommer samt om de vandrar in eller försvinner. Speciellt när vi kombinerar vanlig inventeringsverksamhet, som häckfågeltaxeringen, med data från medborgarforskning kan vi få en geografisk täckning och upplösning som inte varit möjlig tidigare. Det kan öppna dörrar för att bättre förstå varför arter ökar och minskar i Sverige och hur det är kopplat till klimat och markanvändning.

Artportalens checklista är byggd för att användas live med en smartphone. Checklistan kan användas för alla artgrupper, men fungerar bäst för arter som är möjliga att artbestämma i fält och där artlistan blir rimligt lång, t.ex. fåglar, dagfjärilar och trollsländor. Den som använder checklistan börjar med att välja en artgrupp och en plats att utgå ifrån. Checklistan utnyttjar GPS:en i mobilen och genererar en artlista som bygger på vilka arter som rapporterats under aktuell vecka de senaste tio åren inom en viss radie.

Artportalens checklista är den första mobilanpassade rapporteringsfunktionen som ArtDatabanken tar fram och är utvecklad med fokus på att göra det så smidigt och roligt som möjligt för rapportören att använda.



 Visa mindre


Read more about SBDIs satellite symposium at Oikos Senast ändrad: 08 februari 2019    Visa mer

Swedish LifeWatch and Biodiversity Atlas Sweden will soon merge into the joint Swedish Biodiversity Data Infrastructure, a single e-infrastructure in close collaboration with the Living Atlases community. At Oikos satellite symposium, 4 February, data-focused demo sessions of the new infrastructure were held to show new opportunities for data driven research. Here you can read more about what happened at the symposium.

What data are there? How can I use them?

Ecology is evolving fast. Our discipline goes through a rapid transformation process to support global sustainability targets and understand human pressures on our ecosystems. In this process, a number of characteristic trends can be observed. For example, new methods for data collection and analysis, such as citizen science and autonomous observation techniques are quickly developed and adopted. Structured monitoring data, and molecular and genomic information add to the data contents exponentially. At the same time, ecologists increasingly engage in well-organized community networks. Those trends lead to a fast accumulation of available data and enable more inter-disciplinary and scalable ecological research.

A major facilitator in this process is the emerging landscape of biodiversity information systems, which offer services for easier access and publication of relevant data. These infrastructures have the potential to offer fundamentally new ways to conduct ecological science in the future. Two of today’s Swedish biodiversity infrastructures, Biodiversity Atlas Sweden (BAS) and Swedish LifeWatch (SLW), will merge into the joint Swedish Biodiversity Data Infrastructure (SBDI) providing new opportunities.

The symposium will include both presentations as well as data-focused demo sessions. During the afternoon you can experience and together with experts test Swedish biodiversity data infrastructures, and discuss with analysis experts about your research question. You can also get advice on suitable data and analysis approaches, and together with experts explore and dig deeper into specific data sets.

Organisers: Biodiversity Atlas Sweden, Swedish LifeWatch, and Dept. of Forest Resource Management SLU

 

 

Program

Morning session - Presentations

Presentations: 9.30-11.45

Afternoon session - Exhibitions/Demonstrations

Short presentations: 13:00-14:00

           How can we help you publish, access and use metabarcoding data?
         Please complete and/or spread the word about our online survey

         Citizen science

Exhibitions/demonstrations: 14:00-16:30

  • The Swedish National Forest Inventory NFI: Aggregated data, maps and microdata from the Swedish NFI can be used for large-scale studies or modelling. The data is also useful for global studies as similar datasets exist in other countries. We will provide an overview of open data sources and demonstrate a number of web-based analysis tools that you can use to explore our aggregated data. We will inform about the services provided by our research support function and give information on how to proceed if you want to order microdata, tailored datasets or specific analysis. We are also here to discuss your research idea that involves NFI data. - Anna-Lena Axelsson & Jonas Dahlgren (

         Microdata for download

          SLU Forest Maps

          Research support

          Skogsdatalabbet

  • The Swedish Forest Soil Inventory: Statistics and data on site conditions and soil chemistry documenting the status and change in Sweden's forest soils. - Johan Stendahl (SLU)

         Soil fungi portal

  • Biodiversity data and integrated analysis tools from the Analysis Portal, Swedish LifeWatch: The Analysis Portal is a service from Swedish LifeWatch – a research infrastructure for biodiversity data. Here you can search and filter data, you will find visualization and analysis tools, and you can download data from all data sources connected to SLW. - Debora Arlt (SLU)
  • The BioAtlas Data Portal: As part of the Living Atlases Community the Biodiversity Atlas Sweden is a collaborative research infrastructure that aggregates biodiversity data from multiple sources. The BioAtlas portal offers opportunities for innovative, interdisciplinary research on biodiversity and ecosystems. It provides visualization and analysis tools, using maps along with environmental and contextual information to produce distributions, predictive models and charts of the relationships between biodiversity and the environment. You will also be able to import your own records and export maps and data sets.
    • Explore occurrence data, explore a region: - Manash Shah (GBIF, NRM)
    • Spatial Portal: - Christian Svindseth (GBIF)

         BioAtlas Spatial Portal

         Spatial Portal Help

  • Mirroreum, DockeriseringMirroreum - A web-based environment for Reproducible Open Research: Can be used entirely through the web browser, or can run locally, or deployed at a server in the cloud. To support work using R, it provides a platform for working with spatial data using R and the web-variant of the RStudio IDE as well as a Shiny server. This means it comes with a pre-installed set of various assorted packages. Among the many pre-installed packages is ALA4R and livingatlases - R packages that provide access to data sources in the Living Atlases community. Various other packages are pre-installed to support for example ecological niche modelling work. - Christian Svindseth (GBIF)

         Living Atlases community

  • Species Observation Explorer: What do species observation data from Artportalen tell us about species occurrence in an area? When there are no observations – is this because the species really isn’t there or because no one has been visiting or reporting from the area? With the Species Observation Explorer you can check it out. - Alejandro Ruete (Greensway AB)

         Landscape data from the Regional environmental monitoring of small landscape
         elements, grasslands and wetlands

         Remiil: Regional miljöövervakning I landskapsrutor

 

 Visa mindre

Svenska LifeWatch + Biodiversity Atlas Sweden blir Svensk Biodiversitetsdatainfrastruktur Publicerad: 04 februari 2019    Visa mer

Svenska LifeWatch och Biodiversity Atlas Sweden kommer att bilda den gemensamma biodiversitetsinfrastrukturen Svensk Biodiversitetsdatainfrastruktur, en e-infrastruktur i nära samarbete med Living Atlases community.

Svenska LifeWatch och Biodiversity Atlas Swedenär de två viktigaste e-infrastrukturerna i Sverige för att främja biodiversitets- och ekosystemforskning i det framväxande landskapet av biodiversitetsinformationssystem.

Nu kommer de att bilda den gemensamma biodiversitetsinfrastrukturen Svensk Biodiversitetsdatainfrastruktur (SBDI), en e-infrastruktur i nära samarbete med Living Atlases community.

Under perioden 2019-2020 pågår arbetet med att skapa den gemensamma infrastrukturen SBDI som ska tillgängliggöra biodiversitsdata, tillhandahålla kraftfulla analys- och visualiseringverktyg, och därigenom erbjuda nya möjligheter för innovativ och interdisciplinär forskning kring biodiversitet och ekosystem. Under förutsättningen att Svenska Vetenskapsrådet ger fortsatt finansiering kommer det formella bildandet av SBDI-konsortiet att ske under 2021.

 Visa mindre

Nu finns support för Analysportalen Publicerad: 19 oktober 2018    Visa mer

Nu finns det support och utbildning för Analysportalen. Svenska LifeWatch vill utveckla och sprida kunskapen om den biodiversitetsinfrastruktur som finns tillgänglig vid ArtDatabanken, och har därför rekryterat Debora Arlt som även forskar vid Institutionen för ekologi.

ArtDatabanken, SLU har från och med oktober anställt Debora Arlt som support och utbildningsansvarig inom Svenska LifeWatch. Hon kommer att arbeta med support och utbildning för Analysportalen men även WRAMs verktyg, samt med datakurering av biotelemetridata (inom den del som heter Wireless Remote Animal Monitoring, WRAM).

Svenska LifeWatch har sedan 2010 med stöd av Vetenskapsrådet bland annat utvecklat system för automatisk skörd av landets större databaser med artdata och för tillgängliggörande, analys och visualisering av data och resultat genom Analysportalen. Fr.o.m. 2018 sker detta i samarbete med Biodiversity Atlas Sweden (BAS).

 Visa mindre

Kom igång

  1. Välj data
    > Data > Artobservationer
  2. Filtrera och välj taxa
    > Filter > Taxa > Sök på taxonnamn
  3. Gör inställningar för eventuella gridberäkningar
    > Inställningar > Gridstatistik > välj t.ex. Rutstorlek
  4. Välj eventuellt koordinatsystem
    > Inställningar > Koordinatsystem
  5. Se resultatet
    > Resultat > t.ex. Artobservationskarta
  6. Ändra din sökning eller analys, det går alltid att gå direkt till resultatknappen!

Dina val syns alltid till höger => Mina val

Applikationsbeskrivning

Citering

I vetenskapliga publikationer och andra rapporter där Analysportalen använts, bör man referera enligt följande:

”Data använda i den här studien har laddats ned från Svenska LifeWatch Analysportal [datum för nedladdningen och använda dataproviders]. Analysportalen är finanserad av Vetenskapsrådet och Naturvårdsverket genom Svenska LifeWatch-projektet (Grant No. 829-2009-6287).”

Vi rekommenderar också att man anger de viktigaste dataleverantörerna till den analys man gjort. En sådan lista fås i Analysportalen under Resultat/Rapporter/Härkomst av artobservationer (https://www.analysisportal.se/Result/ProvenanceReport).